La ley 19.653 introdujo varias modificaciones al Código del Proceso Penal aprobado por la ley 19.293. En este sentido, el art. 1 de la ley 19.653 sustituyó el art. 49 de la ley 19.293 estableciendo que la Policía Nacional, la Prefectura Nacional Naval, en sus respectivos ámbitos de competencia serán auxiliares del Ministerio Público en las tareas de investigación.

Asimismo, el artículo 2 de la ley 19.653 sustituyó el artículo 50 de la ley 19.293 determinando que a los efectos de la investigación criminal y en su rol de auxiliares los órganos anteriormente nombrados ejecutaran sus tareas bajo la dirección y responsabilidad de los Fiscales.

Adicionalmente, el artículo 3 de la ley 19.653 sustituyó el artículo 53 de la ley 19.293 indicando que los funcionarios policiales podrán realizar las siguientes actividades sin necesidad de recibir previamente instrucciones de los fiscales: cumplir con las fases del accionar policial (observación, prevención, disuasión y excepcionalmente la represión), prestar auxilio a la víctima, practicar la detención en los casos de flagrancia o fuga, resguardar el lugar donde se cometió el hecho e identificar testigos.

Por otro lado, se modificaron las normas relativas al instituto de la prisión preventiva. El artículo 8 de la ley 19.653, sustituyó el artículo 224 de la ley 19.293 respecto de los requisitos para disponer la prisión preventiva, estableciendo que iniciado el proceso y a petición del Ministerio Público, el Tribunal podrá decretar la prisión preventiva del imputado si hubiera semiplena prueba de la existencia del hecho y de la participación del imputado, así como elementos de convicción suficientes para presumir que intentará fugarse, ocultarse o entorpecer la investigación.

En adicción a lo anterior, se establece en el numeral 2 del artículo 224 que el riesgo de fuga, el ocultamiento, el entorpecimiento de la investigación y el riesgo para la seguridad de la víctima se presumirá cuando el imputado posea la calidad de reincidente y el Fiscal imputare delitos de violación, abuso sexual, rapiña, extorsión, secuestro y/u homicidio agravado entre otros.

En relación con el beneficio de la libertad anticipada, el artículo 10 de la ley 19.653 incorporó al artículo 301 bis de la ley 19.293, que dicho beneficio no será de aplicación para quien cometiere delitos de violación, abuso sexual, secuestro y/u homicidio agravado entre otros.  

En esta misma línea, el artículo 11 de la ley 19.653 incorporó al artículo 301 ter. de la ley 19.293 que el beneficio de la libertad anticipada no será de aplicación en caso de reiteración o reincidencia indistintamente para los delitos de lesiones graves y gravísimas, hurto cuando concurran circunstancias agravantes, rapiña, extorsión y/u homicidio, entre otros.

Finalmente, la ley 19.653 estableció la creación de una Comisión para el seguimiento de la implementación del Sistema Procesal Penal, de carácter permanente y consultivo, cuyo objetivo será procurar el fortalecimiento y buen funcionamiento del sistema procesal penal. Dicha comisión estará integrada por el Ministro del Interior, un Ministro de la Suprema Corte de Justicia y el Fiscal de Corte. Las principales actividades encomendadas a la comisión radican en realizar estudios técnicos y formular propuestas que faciliten la puesta en práctica del nuevo sistema procesal penal y la realización de un informe semestral a ser presentado ante la Asamblea General a efectos de sugerir posibles reformas legislativas.